- 2025
농업 미래성장·현장해결, 국가 기본임무 강화를 위한 조직·기능 개편
- 본원 : 기획조정과, 운영지원과, 기술지원과
- 기초식량작물부: 품종개발과, 재배생리과, 작물환경과, 맥류작물과, 중북부작물연구센터, 간척지농업연구센터로 개편
- 밭작물개발부: 밭작물개발과, 경지이용작물과, 스마트생산기술과로 개편
- 식품자원개발부: 식생활영양과, 발효가공식품과, 푸드테크소재과, 품질관리평가과로 개편
- 고령지농업연구소
- 바이오에너지작물연구소:소득식량작물연구소로 개편
- 2015
전북혁신도시 이전 및 개편
- 본원 : 작물육종과, 작물재배생리과, 작물기초기반과로 개편
- 중부작물부 신설 : 중부작물과, 수확후이용과, 재배환경과로 개편
- 남부작물부 신설 : 밭작물개발과, 논이용작물과, 생산기술개발과로 개편
- 고령지농업연구소, 바이오에너지작물연구소로 개편
- 2008
농촌진흥청 국립식량과학원으로 개편
- 벼맥류부, 기능성작물부, 바이오에너지작물센터 개편
- 고령지농업연구센터 편입, 인삼약초연구소 이관
- 2007
농촌진흥청 작물과학원 인삼약초연구소 설립
- 2004
농촌진흥청 작물과학원, 고령지농업연구소로 개편
- 벼맥류부, 기능성작물부, 바이오에너지작물센터 개편
- 1965
농촌진흥청 호남작물시험장, 영남작물시험장 설립
- 1962
농촌진흥청 작물시험장, 고령지시험장 발족